Das Kloster war im 9. Jahrhundert Ausgangspunkt für die Christianisierung des gesamten Harzraumes und verfolgte die Aufgabe, heidnische Kulte zurückzudrängen. Wendhusen gilt als die älteste Klostergründung der neuen Bundesländer und eines der frühesten Zentren des politischen, kirchlichen und kulturellen Lebens im Harzgebiet. Um 820/830 gründete die sächsische Adlige Gisla, Erbtochter des Ostfalenherzogs Hessi, ein Benediktinerinnenkloster, in das sie ihre Tochter Bilihilt als erste Äbtissin einwies.

Als König Otto I. 936 für seine Mutter Königin Mathilde auf dem Schlossberg zu Quedlinburg, ein reichsunmittelbares Damenstift gründete, verfügte er über das Kloster Wendhusen wie über Eigengut: er ordnete die Versetzung des Nonnenkonventes nach Quedlinburg an. Der Widerstand der damaligen Äbtissin Diemot, die mit einem Teil der Nonnen in Wendhusen zurückblieb, bewahrte das Kloster vor der Auflösung. Die wohlhabendsten unter den Klosterinsassen mussten nach Quedlinburg umziehen. Wendhusen bestand teilweise, immer mehr verarmend, weiter bis zum Bauernkrieg.

Während des Krieges wurde das Kloster 1525 ausgeraubt, zerstört und niedergebrannt. Nach der endgültigen Aufhebung des Stiftes 1540 verwandelte Graf Ulrich XI. von Regenstein das Klostergut in ein Rittergut und verlehnte es an Adelsfamilien. 1800 wurde das Gut an den Herren "von dem Bussche - Streithorst" verkauft. Mit der "Bodenreform" 1945/1946 wurde es Allgemeingut.

Seit 1991 bemüht sich die Stadt den Wendhusenkomplex zu erhalten und wieder herzustellen um dieses einmalige Zeugnis frühchristlicher Kultur für die Bevölkerung und Gäste nutzbar zumachen. Das Westwerk der Klosterkirche, der sogenannte Wendhusenturm, der älteste erhaltene Teil des ehemaligen Klosters, wurde in fünfjähriger Bauzeit (1991 - 1995) saniert und präsentiert sich mit romanischem Portal und ebensolchen Fensteröffnungen sowie Renaissance - Erker und barockem Anbau.

Der erhalten gebliebene Westteil der Stiftskirche St. Pusinna aus dem 9.- 12. Jahrhundert und der romanische Turm sowie das von Franz Friedrich von Hartwig erbaute Herrenhaus von 1786 können mittwochs bis sonntags von 14.00 bis 17.00 Uhr besichtigt werden, in dieser Zeit ist auch das Museumscafé geöffnet. Parkplatzmöglichkeit direkt am Objekt.